Jan Vaes promoveerde in 1987 aan de K.U. Leuven met de grootste onderscheiding tot doctor in de Oudheidkunde en Kunstgeschiedenis. Hij verrichtte daartoe onderzoek te Leuven, Bonn, Freiburg en Rome, waar hij studeerde aan het Pontificio Istituto di Archeologia Cristiana. Voor zijn onderzoek van vroegchristelijke architectuur in Italië werd hij in 1991 bekroond tot Laureaat van de Koninklijke Academie voor Wetenschappen, Letteren en Schone Kunsten van België. Hij publiceerde in Leuven, Kortrijk, Brussel, Den Haag, Rome, Parijs en Milaan. In binnen – en buitenland gaf hij talrijke lezingen. Hij was curator van een aantal historische tentoonstellingen. Momenteel is hij voltijds lector Geschiedenis en Cultuurgeschiedenis aan de Lerarenopleiding van het University College Leuven-Limburg, associatie K. U. Leuven, docent ‘vroegchristelijke en byzantijnse kunst’ aan het Kunsthistorisch Instituut te Antwerpen (Koninklijk Museum voor Schone Kunsten). Hij is tevens docent Cultuurgeschiedenis van de Universiteit Vrije Tijd/Davidsfonds Academie. Hij verzorgt ook de cursussen Algemene Geschiedenis, Kunstgeschiedenis, Geschiedenis van Loon en Luik en Heraldiek aan de opleiding van Limburgse Toeristische Gidsen, Toerisme Vlaanderen. Hij is bestuurslid van het Historisch Studiecentrum Alden Biesen.